Реестр освоения непредвиденных затрат и ВЗиС

А где вы встречали эти понятия? мне кажется это что-то из бухгалтерской темы.
Необходимость ВЗиС должна быть обоснована ПОС, ну или ППР, и если надо подтвердить фактические затраты заказчику, то подрядчик составляет сметы/калькуляции на них. А если договор подписан, цена твердая и там %-ом, то по идее подрядчик уже ничего вам подтверждать не должен.

Согласно п.4.96 МДС 81-35.2004 действительно" при расчетах за выполненные работы по договорам с установленной твердой договорной ценой, резерв средств на непредвиденные расходы и затраты в актах приемки выполненных работ не расшифровывается..." Но Приказом Министерства регионального  развития  РФ от 1 июня 2012 г. №220  в данный пункт 4.96 внесены изменения согласно которым  в частности "необходимость  подтверждения резерва средств на непредвиденные работы и затраты, включенного  в твердую договорную цену , устанавливается государственным контрактом и в случае отсутствия такого подтверждения цена государственного контракта может быть снижена" (Письмо от 21.01.2013 г. №716-12/ДБ-Готв/ГС).
Методика отменена, а письмо на 2022 г. числится в действующих

Что такое контракт, тот же договор, сумма которого определяется на основании ЛС. Если в ЛС есть статья "непредвиденные расходы", значит они есть и в контракте

Обязательно. И подписанные сторонами. Это к бабке не ходи. Так что если у вас в договоре не предусмотрено иное, то рекомендую заранее подготовить сметы и акты на сумму этих непредвиденных и подписать сторонами. Только учтите, что в непредвиденные можно включить только те работы, которые были в основной смете, и только на превышение объемов.