Строительные работы (бюджет)

Тут 2 варианта:
1. делаете акт по смете, заказчик подписывает и оплачивает как в смете всю сумму.
2. делаете акт по факту, оплата соответственно по факту, контракт расторгается затем по обоюдке. Все довольны и радостные отмечают это.
А вообще в соответствии с законодательством оплате подлежат только фактически выполненные работы. Так что можете. Это моё мнение  

Странный вопрос от Заказчика. А как же Вы на самом деле принимаете работы ?
В вашем вопросе не совсем понятно, где именно завышены объемы.
Если объемы завышены В СМЕТЕ, - то принимаете по факту, составляете дополнительное соглашение на уменьшение цены контракта и показываете экономию.
Если объемы завышены ПО ФАКТУ - то тут либо за счёт непредвиденных затрат компенсируете, либо опять же (при наличии денежных средств у Заказчика) делаете доп.соглашение на увеличение цены. ЛИБО (что так же имеет место в бюджетных учреждениях) - вся сметная стоимость определяется по факту объемов работ, а затем коэффициентом снижения "вписывается" в цену контракта.
Всё зависит от условий контракта. Что у Вас там прописано ? Твёрдая цена или может изменяться ?  

Андрей,не могли бы Вы указать документ(пункт, статью и т.д.), в котором

Если Вы заказчик, то прежде чем выставлять аукцион, надо было проверить смету на предмет завышения-повышения объемов работ или цен, тогда бы не возникало проблем. Лучше принимайте работы по факту и идите на понижение контракта как сказала Валерия.