Оформление акта на выполненные работы с отступлением от сметы, взгляд Заказчика

Вы  закрываете целиком контрактную смету. Стоимость материалов реальные. Но общая стоимость не должна в сумме по материалам
превышать в сумме по материалам контрактную. Иначе Вы выбираете сумму  стоимостью материалов,а не количеством(объемом)
Исключаете, т.е. не процентуете работы, которые были в контрактной смете, но в действительности не выполнялись. КС2 меньше,чем цена по контракту по соглашению сторон.
Дополнительное соглашение только на объемы работ, которых не было в контрактной смете. Это дополнительная смета

Да

Татьяна, уведомил ли вас заранее подрядчик о необходимости проведения доп. работ???
Согласно п.3 ст.743 ГК РФ, подрядчик может потребовать внесения изменений в тех. документацию, если после начала строительства он обнаружил необходимые для выполнения обязательства работы, которые не учтены в тех. и сметной документации. Если заказчик выражает свое согласие на их проведение и готов оплатить их, то должна быть пересмотрена стоимость работ по договору с оформлением Дополнительного соглашения (п.1 ст 744 ГК РФ).
Подрядчик, своевременно не предупредивший заказчика о необходимости превышения указанной в договоре цены работы, обязан выполнить договор, сохраняя право на оплату по цене, определенной в договоре (ст. 709, п.5)

Выше я писала о правомерности заключения двустороннего соглашения на доп. работы.
А теперь о самом контракте.Все же на мой взгляд,речь идет не о твердой, а о приблизительной цене контракта. В открытой цене резерв на непредвиденные работы и затраты как раз и не предусматривается.Приблизительная цена может корректироваться в процессе строительства, в том числе в связи с инфляцией. При расчетах по приблизительной цене возможна корректировка по ценообразующим факторам. Т.е. на дату предоставления акта стоимость выполненных работ корректируется с учетом изменения цен на материально - технические ресурсы.Однако система расчета обязательно должна оговариваться в договоре.  

"Недавно начала работать Заказчиком в бюджетной сфере. Заказчик принял на себя уже существующий договор, соответственно, с уже существующей сметой. " Это первоначальный вопрос. В бюджетной сфере все договора сейчас с твердой ценой.
Все страхуются и с приблизительной ценой еще ни разу не встречала, даже возможные ситуации никто не хочет предусмотреть в договоре, так как вся ответственность тогда на тебе

Обосновывающий документ, счет-фактура или товарная накладная (либо тот же самый прайс-лист, если Заказчик пропустит)

))) ну раз орган указал, поставьте что хотят, просто в моей работе Заказчики требуют СФ+ТН

А кто Вам сказал. что они отличаются? ))

Дороже вряд ли пропустят....