Индекс минстроя 2 квартал 2016г.

Прошу, помогите разобраться?! Только, пожалуйста не посылайте куда подальше, а помогите разобраться. Ситуация: ООО организация взяла в аренду у "города" муниципальное имущество, имущество это имеет статус и поставлено на учёт как  опасный производственный объект. ООО наняло подрядчика для производства ремонтных работ, подрядчик принёс смету где применён индекс из письма минстроя от 03.06.2016г №  172 69-хм/09. Я понимаю, что этот индекс предназначен для гос.контракта и тд.  и что указанные индексы для взаиморасчётов не предоставлены.. Но ситуация складывается так, что сумма на этот вид работ очень низкая и,конечно, заказчика это устраивает, а если применить индексы "по статьям затрат", то естественно стоимость работ возрастает в разы.   Поэтому подрядчик и сделал смету таким способом и утверждает, что применение этого индекса  нормально при взаиморасчёте двух ООО организаций, ведь финансирование внебюджетное, короче говоря ссылается на договорные условия, рыночные отношения. Прошу, подскажите, прав ли подрядчик? Я, конечно в этом не уверена. Хоть финансирование и внебюджетное, и ООО - сами себе господа, но объект-то муниципальный  и им в аренду его сдал  "город"  и на балансе он как опасный производственный объект числится. И вообще...кто может проверить эту смету в последующем, какие ревизионные органы?