Начали работать с МосЭнерго, заказчик настаивает на применении базы ФЕР

можете сделать, но только МосЭнерго у вас ее не примет потому что

он рулит в этой ситуации

ну значит им так  надо

это у них можно уточнить

Объект ТЭЦ-12, я так полагаю это Москва.

Тема интересная, я её недавно поднимал, правда я говорил о общем положении вещей, а тут конкретика.
1. Разница в стоимости определённой с разными индексами не несколько раз, а по моим прикидкам 60-90%.
2.Настаивать конечно можно, но что это даст?
Мосэнерго оптимизирует затратную часть бюджета - имеет право. Эта методика, база ФЕР + индекс 6,16, наверняка регламентирована каким нибудь внутренним документом, разработанным экономическим и сметным отделами, и подписанным первым, или близко к этому, лицом. Дружеский совет, составьте смету в базе, перейдите к текущей цене так и эдак, увидите разницу, конкретно, а не предположительно. После этого начинайте консультации с заказчиком. Может что то удастся отбить.  

И я про тоже, только надо сначала сметы составить в обоих вариантах. Может там не столь страшно.